El conflicto con Inglaterra a finales del siglo XVIII marca el inicio de la decadencia en Puerto Real en la primera mitad del siglo XIX. El bloqueo naval a la que es sometida la Bahía de Cádiz perjudicará gravemente el desarrollo del comercio con América y Puerto Real, dedicada a la construcción y carena de los barcos y con industrias y actividades en relación directa con el abastecimiento de las expediciones, va a sufrir las consecuencias.

A este hecho se une la epidemia de fiebre amarilla declarada en 1800. Se cifra que en tres meses pudieron perder la vida más de dos mil puertorrealeños. Como consecuencia directa, se paraliza buena parte de la actividad económica, en particular el abastecimiento de Cádiz.

Pero el golpe definitivo a la población se produce el 4 de febrero 1810. En su avance hacia Cádiz, las tropas napoleónicas entran en Puerto Real. En su repliegue, el ejército dirigido por el general Alburquerque destruyó el puente sobre el río Guadalete, forzando al enemigo a desviar su camino por la Cartuja. Abandonaron la villa unas siete mil personas para refugiarse en la Carraca, Isla de León y Cádiz, quedando en ella en torno a las mil quinientas.

El ejército británico permanece en el Castillo de Matagorda en un intento de defensa pero termina abandonándolo. Los franceses fijaron un campamento en el Pinar de la Algaida y otro en Villanueva.  A tal fin se derribaron numerosísimas casas de Puerto Real, con el objeto de aprovechar sus materiales en la fortificación de la población, estableciendo reductos en las entradas de los caminos y en el muelle y Caño del Trocadero. De igual modo, establecen baterías en varios puntos y en la Punta de la Cabezuela para el bombardeo de Cádiz. Igualmente,  se apoderaron de los almacenes de grano y de los efectos navales existentes, destruyendo huertas y arbolados.

El balance tras dos años y medio de ocupación fue de entre ochocientas y novecientas casas destruidas, las dos terceras partes del caserío. En 1813 quedaban en la población unos dos mil habitantes.

Otro más de los factores que van a condenar a Puerto Real a la decadencia es el proceso de independencia en América que se inicia tras las Cortes de Cádiz. La pérdida del mercado colonial, tendrá su reflejo en la localidad. Interrelacionados entre sí unos y otros factores, es decir, la destrucción de los medios de producción por la guerra y la desaparición del mercado, en Puerto Real se comienza un  proceso de re-ruralización.

Tras el breve período liberal que Puerto Real vive tras la invasión napoleónica, en 1814 se  inicia un período absolutista hasta que en 1820 se produce la sublevación liberal de Rafael de Riego. El rey  acata la Constitución de 1812 pero pide ayuda a las potencias absolutistas.  Un ejército francés, con el nombre de los Cien Mil Hijos de San Luis, al mando del duque de Angulema, se encargó de la restauración del absolutismo en España. El ejército se dirigió a Cádiz, reducto de los liberales, llegando a Puerto Real.

En  Puerto Real se había construido una “cortadura” para detener el avance enemigo, pero finalmente el contingente llegó hasta la Cabezuela para asediar a la capital. El ejército invasor estableció un empréstito forzoso y Puerto Real se vio obligado a aprovisionarlo con el consiguiente perjuicio económico.

La actividad económica industrial predominante en el siglo anterior es sustituida por la agrícola. La aparición de la primera Feria ganadera en 1843 es una señal de este cambio, como intento de recuperación económica.

Es a mediados del siglo cuando se comienza la recuperación. En 1852 se construye una de las primeras líneas de ferrocarril en España entre Jerez y El Trocadero.

Pero la recuperación definitiva de la vocación industrial se va a realizar a partir de la instalación de la Compañía fundada por Antonio López, Marqués de Comillas. A partir de entonces se produce el dominio casi absoluto de la industria naval.

Obras significativas de estos años fueron la construcción de la red ferroviaria, el nuevo cementerio de San Roque, los jardines del Porvenir, la remodelación de la Plaza de Jesús, el Teatro Principal y la iluminación de las calles, adoquinado y acerado.

El siglo XX trajo cambios y aires nuevos con mejoras en las infraestructuras; la actividad naval seguía siendo uno de los pilares fundamentales de la economía local, los pormenores y vicisitudes de ésta repercutirán en la población a lo largo de la centuria. En 1924, el arsenal de la Carraca e Isla Verde, hasta entonces dependientes de Puerto Real, pasaron a formar parte de San Fernando. La guerra civil, al igual que en el resto del país, produjo un estancamiento socio-político y económico; será ya en los años cincuenta cuando se inicie un proceso de recuperación de la actividad económica, retrasándose la recuperación política y social hasta el final de los años setenta con la reinstauración de la democracia.